Quỹ hỗ trợ người nhiễm HIV/AIDS thành phố Hà Nội là đơn vị sự nghiệp công lập, hoạt động từ thiện không vì mục đích lợi nhuận, trên nguyên tắc tự tạo vốn, tự trang trải chi phí hoạt động của mình; có tư cách pháp nhân, sử dụng con dấu riêng, được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước theo quy định hiện hành. Quỹ chịu sự quản lý Nhà nước của Sở Y tế thành phố Hà Nội.

Quỹ có chức năng tổ chức các hoạt động tuyên truyền, vận động các tổ chức, cá nhân, các nhà hảo tâm ở trong nước và ở nước ngoài tham gia xây dựng Quỹ, đóng góp tiền của, vật chất… để thực hiện nhiệm vụ hỗ trợ khám, chữa bệnh và chăm sóc người nhiễm HIV/AIDS trên địa bàn thành phố, tạo điều kiện cho người nhiễm HIV/AIDS có hoàn cảnh khó khăn được tiếp cận các dịch vụ chăm sóc hỗ trợ toàn diện.

Kinh phí hoạt động của Quỹ được hình thành từ ngân sách sự nghiệp Y tế; Ngân sách chương trình dự án phòng chống HIV/AIDS Quốc gia; Viện trợ, đóng góp và các nguồn thu hợp pháp khác.

UBND thành phố giao Giám đốc Sở Y tế thành phố Hà Nội xây dựng Quy chế hoạt động của Quỹ trình UBND thành phố phê duyệt. Đồng thời, quy định cụ thể nhiệm vụ, quyền hạn, tổ chức bộ máy của Quỹ hỗ trợ người nhiễm HIV/AIDS Hà Nội.