Theo đó, những trường hợp cúm A/H1N1 nặng có suy hô hấp sẽ phải cho người bệnh thở ôxy, thở máy. Đồng thời phải khám, phát hiện suy đa phủ tạng và điều trị (nếu có). Khi đó, việc điều trị sẽ giống như cúm A/H5N1 nặng đã được Bộ Y tế ban hành.

Ngoài ra, phác đồ mới cũng quy định, trong trường hợp cúm lan rộng ra cộng đồng, không chẩn đoán được bằng xét nghiệm, bệnh nhân sẽ được cách ly và điều trị triệu chứng. Chỉ diễn tiến bệnh nặng hơn mới điều trị theo phác đồ.

Một điểm mới nữa của phác đồ điều trị cúm A/H1N1 mới đó là về quy định thời gian ra viện. Trước đây, bệnh nhân dù hết sốt, đã âm tính cũng phải theo dõi tiếp trong bệnh viện, qua 7 ngày tính từ ngày điều trị mới được ra viện. Quy định lần này linh hoạt hơn, ở những nơi không có xét nghiệm PCR để khẳng định âm tính hay chưa, thì chỉ cần sau điều trị hết sốt 3 ngày, tình trạng lâm sàng ổn định là được xuất viện.

Còn ở các bệnh viện có xét nghiệm chẩn đoán thì sau khi hết sốt, hết biểu hiện cúm, bệnh nhân sẽ được làm xét nghiệm PCR lại vào ngày thứ tư và nếu âm tính bệnh nhân sẽ được ra viện. Trong trường hợp xét nghiệm lại vào ngày thứ tư mà kết quả vẫn cho dương tính sẽ được tiếp tục điều trị và xét nghiệm lại vào ngày thứ 6 để đánh giá xem có ra viện hay không hay vẫn phải điều trị tiếp.

Ngoài ra, phác đồ cũng hướng dẫn, để hạn chế lây nhiễm chéo cúm, tất cả người bệnh, người nghi ngờ mắc bệnh cúm A/H1N1 phải mang khẩu trang ngoại khoa khi ở trong buồng bệnh cũng như khi đi ra ngoài buồng bệnh. Đồng thời tăng cường rửa tay, vệ sinh cá nhân, vệ sinh hô hấp, súc miệng - họng bằng các thuốc sát khuẩn theo hướng dẫn của Bộ Y tế, tránh tập trung đông người khi có dịch... để giảm nguy cơ mắc bệnh.